Στο πλαίσιο των εκθέσεών του, το ΕΜΣΤ διοργανώνει σεμινάρια που απευθύνονται σε εκπαιδευτικούς της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Τα σεμινάρια πραγματοποιούνται από ιστορικούς της τέχνης και περιλαμβάνουν θεωρητικές εισηγήσεις με οπτικοακουστικά μέσα και ξενάγηση στις εκθέσεις. Στόχος των σεμιναρίων είναι να παρουσιάσουν τις διάφορες τάσεις, τους κριτικούς προβληματισμούς και τα μέσα έκφρασης της σύγχρονης τέχνης, παρέχοντας στους εκπαιδευτικούς την ευκαιρία να αξιοποιήσουν τις γνώσεις και τις ερμηνευτικές προσεγγίσεις των έργων κατά τη σχολική εκπαιδευτική πράξη, και να προετοιμάσουν την επίσκεψη των μαθητών στο μουσείο.

Το πρώτο σεμινάριο για εκπαιδευτικούς διοργανώθηκε στο πλαίσιο της έκθεσης Σύνοψις 1 - Επικοινωνίες με την επιμέλεια της εικαστικού Κατερίνας Ζαχαροπούλου. Οι εκπαιδευτικοί σε ειδικές προβολές γνώρισαν το έργο των συμμετεχόντων καλλιτεχνών μέσα από την ιδιαίτερη κάθε φορά δημιουργική διαδικασία και χρήση τεχνολογικών εκφραστικών μέσων. Το σεμινάριο επαναλήφθηκε για την έκθεση Γιώργος Χατζημιχάλης: Έργα 1985 - 2000.